Sau khủng hoảng dầu mỏ 1973, đánh bắt cá vùng biển sâu ở Nhật Bản đã giảm, với sản lượng đánh bắt hàng năm trong thập niên 1980 trung bình 2 triệu tấn. Nghề cá xa bờ chiếm trung bình 50% tổng sản lượng đánh bắt cá của cả nước vào cuối những năm 1980 mặc dù họ đã trải qua những thăng trầm lặp đi lặp lại trong thời gian đó. Các nghề cá ven biển có sản lượng đánh bắt nhỏ hơn so với nghề cá biển phía bắc vào năm 1986 và 1987. Nhìn chung, sản lượng đánh bắt cá của Nhật Bản đã tăng trưởng chậm hơn vào cuối những năm 1980. Ngược lại, nhập khẩu hàng hải sản của Nhật Bản đã tăng rất nhiều trong những năm 1980 với gần 2 triệu tấn vào năm 1989.

Ngành công nghiệp đánh cá Nhật Bản, cả trong và ngoài nước, từ lâu đã tập trung ở chợ cá Tsukiji, Tokyo, một trong những chợ bán buôn lớn nhất thế giới về hải sản tươi sống, đông lạnh và chế biến.

Nhật Bản cũng đã cải tiến rất nhiều các kỹ thuật nuôi trồng thủy sản hoặc nuôi trồng trên biển. Trong hệ thống này, kỹ thuật thụ tinh và ấp trứng nhân tạo được sử dụng để nhân giống cá và động vật có vỏ, sau đó được thả ra sông hoặc biển. Những con cá và động vật có vỏ được đánh bắt sau khi chúng lớn hơn. Cá hồi được nuôi theo cách này.

Nhật Bản có hơn 2.000 cảng cá, gồm có Nagasaki ở phía tây nam Kyūshū; Otaru, Kushiro và Abashiri ở Hokkaidō. Các cảng cá chính trên bờ biển Honshū ở Thái Bình Dương là Hachinohe, Kesennuma và Ishinomaki dọc theo bờ biển Sanriku, Choshi, Yaizu, Shimizu và Misaki ở phía đông và nam Tokyo.

Nhật Bản cũng là một trong số ít các quốc gia săn bắt cá voi trên thế giới. Là một thành viên của Ủy ban Cá voi Quốc tế, chính phủ cam kết rằng các đội tàu của họ sẽ hạn chế đánh bắt đối với hạn ngạch quốc tế, nhưng nước này đã bị quốc tế lên án vì đã không ký một thỏa thuận đặt lệnh cấm bắt cá voi. Hiện tại Nhật Bản tiến hành "đánh bắt cá voi để nghiên cứu" đối với cá voi Minke ở các đại dương xung quanh Nam Cực.

Hai trong số các công ty đánh cá lớn nhất tại Nhật Bản là Nippon Suisan Kaisha và Maruha Nichiro; mỗi công ty sử dụng hơn 10.000 lao động và sở hữu các công ty con trên toàn thế giới.